生技新藥產業發展條例

事實及理由

一、程序事項：被告代表人原為李怡慧，於訴訟進行中變更為李雅晶，茲由其具狀聲明承受訴訟（本院卷1第539頁），核無不合，應予准許。

二、事實概要：原告係經濟部以民國108年5月23日經授工字第00000000000號函(下稱108年5月23日函)審定之生技新藥公司，109年9月間現金增資擴展研究生技新藥投資計畫，經經濟部審認原告增資生技新藥投資計畫，增加實收資本額新臺幣(下同)150,000,000元，總投資金額1,800,000,000元，符合營利事業適用生技新藥公司股東投資抵減辦法(下稱舊辦法)第7條規定，以110年4月7日經授工字第00000000000號函(下稱110年4月7日函)核准在案。原告以113年3月11日SH生華科技(113)字第000號函(同年月15日收文，下稱113年3月15日申請書)，就現金增資繳納股票價款已滿3年之營利事業股東，向被告申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書(下稱投抵證明)，經被告審認其申請日期已逾營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底(即113年1月31日)前申請期限，不符合營利事業適用生技醫藥公司股東投資抵減辦法(下稱新辦法)第5條第1項規定為由，以113年4月2日北區國稅營所字第0000000000號函(下稱原處分)，否准其申請。原告不服，提起訴願遭駁回，遂提起本件行政訴訟。

三、本件原告主張：㈠106年1月18日修正公布之生技新藥產業發展條例（下稱舊條例）與110年12月30日修正公布之生技醫藥產業發展條例（下稱新條例）法律名稱雖然相似卻不相同，二者對於法律適用主體「生技新藥公司」及「生技醫藥公司」之定義不盡相同，且其授權子辦法對於投資抵減是否設有申請期限之規定亦不相同，則原告是否適用新條例及新辦法即有疑義。且原告係依據舊條例所成立及辦理增資，並於舊辦法時期有繳納股票價款之重要構成要件事實，相關權利義務等事項自應繼續依循舊辦法規定。況且原告前已分別於104年11月5日及106年4月6日向被告辦理投資抵減案件，均係適用舊條例、舊辦法，並均獲被告核發投資抵減稅額證明書完竣。㈡原告公司蔡慧如經理（下稱蔡君）於112年9月18日致電向被告承辦人○○○詢問適用新、舊辦法之問題，被告承辦人經內部討論後，回覆應依據經濟部110年4月7日核准函適用舊辦法規定，有該日蔡君於舊辦法紙張上手寫「#1342陳's9/18 110/12/31前適用舊法」等文字可憑，且蔡君更於該日後之112年9月20日、112年10月3日等日期，將上開回覆訊息一併轉達予原告公司之股東；是原處分以本件申請案應適用新辦法且已逾越申請期限為由否准，違反被告於112年9月18日對原告之行政指導。另外，原告申請時雖表格乃用新條例，但此乃制式表格所致，原告無法更改。㈢經濟部108年5月23日函告知原告係適用舊辦法規定，僅須於「繳納股票價款之次日起滿3年後」申請核發投資抵減稅額證明書即足，並未提及新辦法及申請期限；且經濟部於辦法修正發布後，並未發函更正前揭說明、更未通知原告應改為適用新辦法；而經濟部於111年5月30日預告之新辦法修正草案，並未公告最後修正發布版本中有關申請期限之內容，是系爭公告內容已賦予原告「無申請末日期限」之合理信賴基礎。又，原告除先前至少二次申請類似案件具有信賴基礎外，就本案亦因被告先前之行政指導，而再度具有本案投資抵減亦無申請期限之信賴基礎。綜上，經濟部、被告等行政機關先賦予原告諸多信賴基礎，原告嗣依據該信賴基礎提出核發投抵證明之申請，具有信賴表現，且無信賴不值得保護之情形，故原處分違反信賴保護原則，並致原告信賴利益受有損失，而舊條例之立法目的係為鼓勵如同原告之生技新藥公司之創立及擴充，是原告之信賴應值得保護。㈣新辦法第5條有關申請期限之規定，屬消滅時效，應以法律位階規範，惟新辦法係依據新條例第7條第4項訂定之法規命令，且母法即新條例僅就投資抵減之金額設有股票償款20%之限制，對投資抵減之申請期限則隻字未提，故新辦法第5條第1項以「繳納股票價款當日起滿三年之次年一月底前」之消滅時效規定限制人民公法上請求權，違反法律保留原則，更有違母法所揭示之「鼓勵生技醫藥公司之創立或擴充」立法目的。承上，本件因母法新條例並無規定申請投資抵減之期限，故該期限之規定應回歸適用行政程序法第131條第1項所定十年消滅時效，則原告於113年3月14日提出申請，被告應予核准。再者，新辦法第5條第1項屬限制人民權利之規範，而新條例及新辦法均未見法律溯及既往之特別規定，是新辦法第5條第1項應不得溯及既往適用於原告。㈤被告未選擇事前以口頭、電話方式等行政指導告知原告，復未給予補正或更正之機會，逕以原處分否准原告投抵證明之申請，違反比例原則。㈥原告係於110年4月7日取得「生技新藥投資計畫核准函」，惟被告竟以原處分認定原告本案增資應備文件為「生技醫藥投資計畫核准函」，事實上原告根本無、亦無從取得「生技醫藥投資計畫核准函」，故原處分及據以作成之依據即新辦法第5條，均違反法律明確性原則。㈦原告公司西元2023年9月28日公布之網頁重要公告，係同年6月19日即由會計師草擬提供予原告之範本，並經會計師協助後產生之內容；另，原告歷年來就股東投資抵減申請案（包含本案），均由原告自行申請，並未委託○○○會計師協助等語。並聲明：1.訴願決定、原處分均撤銷。⒉被告應作成核發投抵證明之處分。

四、被告則以：㈠新條例及新辦法係分別由舊條例及舊辦法修正條文並予更名，既為修正，自非屬「另一新法」；營利事業股東適用本案系爭投資抵減優惠，係以投資生技醫藥公司成為該公司記名股東取得股票持有滿3年，始滿足構成要件，倘股東投資行為之法律關係跨越新、舊法施行期間，而構成要件事實於新法規生效施行後始完全實現者，允應適用新辦法。而投抵證明之申請期限既已從舊辦法第8條規定「營利事業股東納股票價款之當日起滿3年後」修訂為新辦法第5條規定「營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前，或本辦法中華民國111年8月30日修正發布日當日起4個月內」。本件原告於108年5月23日經經濟部審定為生技新藥公司，該審定函自發文之次日起5年內（即108年5月24日至113年5月23日）有效，依生技醫藥公司審定辦法第4條第5款規定，應視為生技醫藥公司；又，原告股東於舊條例施行期間投資，於新條例施行後始符合持股達3年之適用要件，自應依循合致構成要件時之法規（即新辦法）規定期限提出申請。㈡新辦法第5條第1項所定申請期限，係為執行新條例第7條第1項適用投資抵減租稅優惠所為技術性及細節性之合理必要規定，經新條例第7條第4項規定之明確授權，與法律保留原則無違；再者，系爭申請期限為生技醫藥公司領證應遵守之法定行為期間，性質上並非法律絕對保留之消滅時效。㈢原告股東雖於舊辦法時期（109年9月10日）已有繳納股票價款之重要構成要件事實，惟任何法規皆不能預期永久不變，尤其舊辦法對請領投抵證明之申請未設終止日，尚難據此形成法規範將恆常不增加申請期限之高度信賴。而原告係於新辦法111年8月30日修正發布隔年（112年)9月9日始完全滿足新辦法第5條第1項序文所定領證要件，自新辦法修正發布日至其申請投抵證明之最後期限(113年1月31日），仍有17個月時間，可預為因應以準備相關證明文件向被告申請核發投抵證明，縱使部分相關應備文件資料準備不及，對於已依限提出申請之案件，同條第3項規定稽徵機關應給予通知補正機會，新辦法規定領證申請期限及補正機制，已考量原告舊案權益保護之必要程度，而相應給予適當緩衝調整機制，以減少新、舊法規適用衝擊，並未違反信賴保護原則。至於經濟部110年4月7日函說明五內容係為提醒原告得依舊辦法規定向稅捐稽徵機關申請核發投抵證明，核屬依斯時法規所為之觀念通知，尚非作成授益行政處分，原告主張依該函應適用信賴保護原則等語，洵屬誤解。另原告104年11月5日及106年4月6日申請案，皆屬舊辦法之申請案件，因舊辦法並未訂定申請期限，被告乃依斯時舊辦法規定作成核准案；而本件系爭申請案，新辦法已修正並訂有申請期限，並無原告主張因被告前已核發2次申請案之核准函，本案即應比照核發，否則即有違信賴保護原則之問題。　　㈣本項租稅優惠措施係基於協助生技醫藥產業募資之需要，擇定特定產業，犠牲政府租稅收入及一般大眾權益，特別授予生技醫藥股東投資抵減之租稅優惠。原告如欲享有股東投資抵減之租稅優惠措施，本應克盡取得租稅減免之協力義務，及負擔逾越申請期限之失權風險，乃符合比例原則。㈤原告主張其經理蔡君於112年9月18日向被告承辦人詢問適用新、舊辦法之問題，被告承辦人同日回復應依據經濟部110年4月7日核准函適用舊辦法規定，據以指謫被告承辦人給予錯誤行政指導。惟此主張之證據，僅以蔡君於全國法規資料庫所列印舊辦法之文件上手寫註記為憑，且其手寫內容並未載明所詢問題內容，亦無法佐證被告承辦人於112年9月18日確實回復應適用舊辦法規定辦理申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，尚難認定被告確有給予原告錯誤行政指導之事實；況且，從原告公司網頁重要公告（西元2023年9月28日公布）係載明適用新辦法，無申請期限上會認知應適用舊辦法之理等語，資為抗辯。並聲明：駁回原告之訴。

五、上開事實概要欄所述之事實經過，除下述爭點外，其餘為兩造所不爭執，並有經濟部108年5月23日函/審定函、110年4月7日函/核准函（原處分卷第794-795、819-820頁）、原告113年3月15日申請書（原處分卷第818頁）、原處分（本院卷1第191-192頁）、訴願決定（本院卷1第195-208頁）附卷可稽，洵堪認定。經核兩造之陳述，本件爭點厥為：原告申請投抵證明被告以已經逾越申請期限，不符合新辦法第5條第1項規定否准，是否適法有據？

六、本院得判斷之心證㈠按106年1月18日修正公布之舊條例第1條規定：「為發展我國生技新藥產業，成為帶動經濟轉型的主力產業，特制定本條例。」第2條規定：「生技新藥產業發展，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律規定較本條例更有利者，適用最有利之法律。」第3條規定：「本條例用詞，定義如下：一、生技新藥產業：指用於人類及動植物用之新藥、高風險醫療器材及新興生技醫藥產品之產業。二、生技新藥公司：指生技新藥產業依公司法設立之研發製造新藥、高風險醫療器材及新興生技醫藥產品之公司。……。」第6條規定：「（第1項）為鼓勵生技新藥公司之創立或擴充，營利事業原始認股或應募屬該生技新藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達3年以上，且該生技新藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款20%限度內，自其有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。（第2項）前項營利事業如為創業投資事業……。（第3項）第1項生技新藥公司適用股東投資抵減之要件、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率、第2項計算方式及其他相關事項，由行政院定之。」㈡嗣為配合適用產業範圍之擴大，110年12月30日立法將條例名稱變更成為新條例，並修正公布全文17條，其中第5條至第10條施行期間，自111年1月1日起至120年12月31日止，其餘則自公布日施行至120年12月31日止。又其相關規定如下：新條例第1條規定：「為發展我國生技醫藥產業，成為帶動經濟轉型之主力產業，特制定本條例。」【立法意旨：配合本條例適用產業範圍，修正「生技新藥產業」為「生技醫藥產業」，並酌作文字修正。】新條例第2條規定：「生技醫藥產業發展，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律規定較本條例更有利者，適用最有利之法律。」【立法意旨：修正「生技新藥產業」為「生技醫藥產業」，理由同前條說明。】新條例第4條規定：「（第1項）本條例用詞，定義如下：一、生技醫藥產業：指用於人類與動植物用之新藥、新劑型製劑、高風險醫療器材、再生醫療、精準醫療、數位醫療、專用於生技醫藥產業之創新技術平台及其他策略生技醫藥產品之產業。二、生技醫藥公司：指生技醫藥產業依公司法設立之公司，從事下列業務之一，並經主管機關審定者：（一）研發製造新藥、新劑型製劑、高風險醫療器材、再生醫療、精準醫療、數位醫療、專用於生技醫藥產業之創新技術平台及其他策略生技醫藥產品。（二）受託開發製造生產新藥、新劑型製劑、高風險醫療器材、再生醫療、精準醫療、數位醫療及其他策略生技醫藥產品。……。」【立法意旨：一、條次變更。二、現行條文列為第1項並修正如下：(一)第一款配合適用產業範圍之擴大，修正為「生技醫藥產業」：1.因應先進國家再生醫療與精準醫療之發展，增訂「再生醫療」及「精準醫療」；並為鼓勵促進異業整合及跨域合作，增訂已成為全球發展趨勢之「數位醫療」；另為加速生技醫藥產品之創新開發，將「專用於生技醫藥產業之創新技術平台」納入適用範圍。2.……增訂「新劑型製劑」。3.將現行「新興生技醫藥產品」修正為「其他策略生技醫藥產品」。(二)現行第2款修正為「生技醫藥公司」，配合現行實務增訂渠等公司應經主管機關審定，其從事業務則分二目規範：1.現「研發製造」包括僅從事生技醫藥產品之研發或從事生技醫藥產品之研發與製造，並配合第1款規定修正產品範圍。2.鑑於生技醫藥產業價值鏈長，且具高度專業分工，並依市場需求而將製造工廠分散於全球各地。因應全球生技醫藥供應鏈斷鏈之風險，為保障我國國人用藥安全，同時調整我國生技醫藥產業發展方向，由研發朝向研發與製造並重，以能創造產業較高之價值，並促使生技醫藥產品在地化供應，進而提升我國生技醫藥產品之製造技術。因此，鼓勵廠商投入於關鍵製程技術開發，以製造高品質之產品，進而爭取承接國際生技醫藥產品之製造機會，促使我國在全球生技醫藥產業供應鏈扮演重要之地位，爰增訂第2目……。】新條例第7條規定：「（第1項）為鼓勵生技醫藥公司之創立或擴充，營利事業原始認股或應募屬該生技醫藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達3年以上，且該生技醫藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款20%限度內，自其有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該營利事業當年度應納營利事業所得稅額50%為限。（第2項）前項所定生技醫藥公司，屬從事第4條第1項第2款第2目業務者，以未上市、未上櫃公司，或自設立登記日起未滿10年之上市、上櫃公司為限。（第3項）第1項營利事業如為創業投資事業……。（第4項）第1項營利事業及前項創業投資事業適用股東投資抵減之要件、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。」【立法意旨：一、條次變更。二、為使適用租稅優惠措施之營利事業負擔合理納稅義務，爰於第1項及第3項後段增訂抵減限額以應納營利事業所得稅額50%為限，並酌作文字修正。三、考量生技醫藥公司品項之開發成功至順利上市，耗費時間長且資金投入高，受託開發製造公司之獲利營運模式雖較從事生技醫藥研發製造公司之時程略短，然從成立至正式營運，包含建廠、驗證、接單與製造等階段，需耗費多年，為提升其競爭力，亦需引進關鍵技術，或持續精進製程技術，仍有資金募集之必要性，爰增訂第2項……。四、現行第3項移列為第4項並修正所定辦法之訂定機關……。】㈢又行政院106年12月8日修正發布之舊辦法第1條規定：「本辦法依生技新藥產業發展條例（以下簡稱本條例）第6條第3項規定訂定之。」第6條規定：「本條例第6條第1項用詞，定義如下：一、創立：指於本條例施行後，依法完成公司設立登記。二、擴充：指於本條例施行後，依法完成增資變更登記。三、原始認股：指發起設立時，發起人以現金所認股份，或增資擴展時，股東以現金認購增資擴展之股份。四、應募：指募集設立或增資擴展時之應募股份及其承銷期間購買之股票；……。五、認股或應募股票成為記名股東達3年以上：指股東繳納股票價款之當日起，連續持有3年以上者。六、有應納營利事業所得稅之年度：指股東之所得稅結算申報有應納營利事業所得稅額，或經稅捐稽徵機關核定有應納營利事業所得稅額之年度。」第7條第1項規定：「生技新藥公司申請適用本條例第6條之投資抵減，新投資創立者應自公司設立登記之次日起6個月內；增資擴充者應自辦理增資，並於公司變更登記之次日起6個月內，檢具下列文件，向經濟部申請核發生技新藥投資計畫核准函：……。」第8條規定：「（第1項）生技新藥公司應於其營利事業股東繳納股票價款之當日起滿3年後，檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發投資抵減稅額證明書：……。（第2項）前項生技新藥公司之營利事業股東屬創業投資事業者……。（第3項）第1項生技新藥公司經稅捐稽徵機關核發投資抵減稅額證明書後，對於原始認股或應募非屬創業投資事業之營利事業股東，連續持有生技新藥公司股份達3年以上者……應發給投資抵減稅額證明書。（第4項）營利事業股東於申辦稅捐抵減之年度，辦理營利事業所得稅抵減申報時，應檢具投資抵減稅額證明書，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。」㈣嗣為因應新條例第7條自111年1月1日起施行，經濟部及財政部會銜於111年8月30日修正發布新辦法，自111年1月1日施行至120年12月31日止。按新辦法第1條規定：「本辦法依生技醫藥產業發展條例（以下簡稱本條例）第7條第4項規定訂定之。」第2條規定：「本條例第7條第1項用詞，定義如下：一、創立：指於本條例施行後，依法完成公司設立登記。二、擴充：指於本條例施行後，依法完成增資變更登記。三、原始認股：指發起設立時，發起人以現金所認股份，或增資擴展時，股東以現金認購增資擴展之股份。四、應募：指募集設立或增資擴展時之應募股份及其承銷期間購買之股票；……。五、認股或應募股票成為記名股東達0年：指股東繳納股票價款之當日起，連續持有0年以上者。六、有應納營利事業所得稅之年度：指股東之所得稅結算申報有應納營利事業所得稅額，或申報無應納營利事業所得稅額經稅捐稽徵機關核定有應納營利事業所得稅額之年度。七、抵減各年度應納營利事業所得稅額：指抵減稅捐稽徵機關核定股東之各年度營利事業課稅所得額按所得稅法規定稅率計算之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定股東之上一年度未分配盈餘按所得稅法規定稅率計算之應加徵稅額。」第4條規定：「（第1項）營利事業原始認股或應募生技醫藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達0年，且該生技醫藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款20%，自有應納營利事業所得稅之年度起，按原始認股或應募年度順序，依序於5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該營利事業當年度應納營利事業所得稅額50%為限。（第2項）前項營利事業如為創業投資事業……。（第3項）前二項生技醫藥公司於中華民國110年12月31日以前新投資創立或增資擴充，於110年12月31日以前已依規定向本部申請核發生技新藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減金額不受前二項後段50%限額限制；於111年1月1日以後向本部申請核發生技醫藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減應依前二項規定辦理。（第4項）開始抵減年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後4年度應納營利事業所得稅額中抵減之。（第5項）營利事業股東依本辦法申請抵減，應於辦理稅捐抵減年度之營利事業所得稅結算申報時，檢具營利事業股東投資抵減稅額證明書，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。（第6項）第1項及第2項營利事業股東與被投資之生技醫藥公司相互間，如有藉投資資金或其他虛偽之安排，不當為他人或自己規避或減少納稅義務之情形，稅捐稽徵機關為正確計算該營利事業之課稅所得額及應納稅額，得依查得資料，按實際交易事實依法予以調整。」第5條規定：「（第1項）生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿0年之次年1月底前，或本辦法中華民國111年8月30日修正發布日當日起4個月內，檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理：一、創立或增資前、後之公司登記證明文件；如有多次增資，併同檢附投資計畫開始至本次增資之資本形成明細表。二、生技醫藥投資計畫核准函。三、議決該次增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本。四、營利事業股東繳納股票價款證明文件。五、營利事業股東繼續持有股票達0年，可適用投資抵減之金額明細表，包括股東戶號、名稱、統一編號、認股股數、認股金額、繳款日期、股票編號或證券存摺、繼續持有達0年之股數、可抵減金額及可抵減稅額。（第2項）前項生技醫藥公司之營利事業股東屬創業投資事業者……。（第3項）生技醫藥公司依前二項規定應檢送之資料如有缺漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正或補正未完全者，不予受理。（第4項）稅捐稽徵機關應於第1項受理申請日或前項生技醫藥公司檢齊文件之日起2個月內，將申請結果函復該公司，其經核准者，應併同核發營利事業股東投資抵減稅額證明書。（第5項）生技醫藥公司應於稅捐稽徵機關核發營利事業股東投資抵減稅額證明書送達之次日起1個月內，發給第1項及第2項股東營利事業股東投資抵減稅額證明書。」【立法理由：一、條次變更。二、配合本辦法名稱之修正及引述本條例條文條次變更，酌予修正第1項至第3項文字；另配合修正條文第2條第1項第3款以現金認股之規定於第1項酌予增列文字。另為配合營利事業所得稅結算申報期間，於第1項序文明定，生技醫藥公司須於其營利事業股東以現金繳納股票價款之當日起滿0年之次年1月底前，或本辦法發布之日起4個月內，向稅捐稽徵機關提出申請，俾利營利事業股東於營利事業所得稅結算申報時列報抵減，並定明逾期申請不予受理。三、現行第3項移列至第5項，酌予修正文字，並明定生技醫藥公司發給營利事業股東投資抵減稅額證明書之期限。四、增訂第3項及第4項。公司應檢附資料如有缺漏，稽徵機關應通知補件，並明定受理申請之審理期間及程序。五、配合稽徵實務及用詞一致性，第1項序文、第4項及第5項修正文字為「營利事業股東投資抵減稅額證明書」。六、現行第4項移至修正條文第4條第5項並酌作文字修正，爰予刪除。】㈤經查：⒈原告從事生技新藥業務，並投資於「00000-0 00-0000」及「00000-0 00-0000」等2項藥物之研究發展計畫，案經經濟部核認符合舊條例第3條第2款：「本條例用詞，定義如下：……二、生技新藥公司：指生技新藥產業依公司法設立之研發製造新藥、高風險醫療器材及新興生技醫藥產品之公司。」及相關規定，即以108年5月23日函審定原告為生技新藥公司等情，有上開函附卷可證（原處分卷第794至795頁）；嗣為擴展前開投資計畫，原告乃於109年9月間辦理現金增資（下稱109年9月增資案），又前開增資案係增加原告之實收資本額1.5億元，並使原告之計畫總投資金額達18億元，符合舊辦法第7條關於增資擴充者必須限期內檢具規定文件，向經濟部申請核發生技新藥投資計畫核准函等規定，經濟部即以110年4月7日函予以核准在案（原處分卷第819至820頁）。按109年9月增資案之前，原告之實收資本額為745,311,200元，因109年9月現金增資150,000,000元，經認股之股東繳納股款150,000,000元後，原告乃於109年10月間依法登記實收資本額累計895,311,200元（原告實收資本額變動參照商工登記公示資料）。又針對原告前開實收資本額895,311,200元，其中293,757,960元係由原告之法人股東○○○投資有限公司等10家營利事業（下稱系爭10家營利事業股東），因認購原告股份共2,447,983股，每股價格120元，其等乃於109年9月4日至109年9月10日期間，共計對原告繳納股款293,757,960元（＝認股2,447,983股×每股繳納120元），前情亦有卷附系爭10家營利事業股東繳納股款明細表及原告收款存摺紀錄等可供參照（原處分卷第585至606頁）。⒉又系爭10家營利事業股東於109年9月4日至109年9月10日期間，對原告所繳納之上開股款293,757,960元，於112年9月4日至112年9月10日期間即屬屆滿3年。原告嗣以113年3月15日（被告收文日）申請書，就系爭10家營利事業股東之投資金額293,757,960元及抵減相關營利事業所得稅等事宜，向被告申請核發投抵證明，以供該等10家股東後續辦理投資抵減營所稅時可得依憑（原處分卷第585、818至820頁）。然而，被告以原處分否准，因原告之系爭10家營利事業股東繳納上述股款之最後日期為109年9月10日，則依新辦法第5條第1項規定，原告應於股東繳款滿3年（112年9月）之次年1月底（113年1月31日）前，檢具規定文件向被告申請核發投抵證明，惟原告遲至113年3月15日始為申請，經被告審認原告申請日期已逾申請期限，不符合新辦法第5條第1項規定為由，乃為否准申請之處分（原處分卷第811至813頁）。㈥被告本件否准原告之申請，於法並無不合：⒈茲為配合適用發展條例之生技產業範圍之擴大，於110年12月30日立法將舊條例名稱「生技『新』藥產業發展條例」，變更成為「生技『醫』藥產業發展條例」（新條例），並修正公布新條例全文17條，其中第5條至第10條施行期間，自111年1月1日起至120年12月31日止，其餘則自公布日施行至120年12月31日止等節，均如上述。又按新條例第7條規定：「（第1項）為鼓勵生技醫藥公司之創立或擴充，營利事業原始認股或應募屬該生技醫藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達3年以上，且該生技醫藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款20%限度內，自其有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該營利事業當年度應納營利事業所得稅額50%為限。……。（第4項）第1項營利事業及前項創業投資事業適用股東投資抵減之要件、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。」嗣為因應新條例自111年1月1日起施行，相關主管機關於111年8月30日修正發布「營利事業適用生技醫藥公司股東投資抵減辦法」（新辦法，自111年1月1日施行），亦如上述。次按新辦法第5條第1項規定：「生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前，或本辦法中華民國111年8月30日修正發布日當日起4個月內，檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理：一、創立或增資前、後之公司登記證明文件；如有多次增資，併同檢附投資計畫開始至本次增資之資本形成明細表。二、生技醫藥投資計畫核准函。三、議決該次增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本。四、營利事業股東繳納股票價款證明文件。五、營利事業股東繼續持有股票達3年，可適用投資抵減之金額明細表，包括股東戶號、名稱、統一編號、認股股數、認股金額、繳款日期、股票編號或證券存摺、繼續持有達3年之股數、可抵減金額及可抵減稅額。」由於法律對於有關人民權利義務之事項，不能鉅細靡遺，一律加以規定，其屬於細節性、技術性者，法律自得授權主管機關以命令定之，俾便法律之實施。行政機關基於此種授權發布之命令，其內容未逾越授權範圍，並符合授權之目的者，自為憲法之所許（司法院釋字第360號解釋意旨參照）。復為促進生技醫藥產業升級需要，便利生技醫藥公司依新條例第7條投資抵減規定之執行，立法機關於新條例第7條第4項明定由主管機關（經濟部）會同財政部就該條例第7條第1項及第3項投資抵減之適用要件、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項發布命令，此一授權明示授權內容、範圍及目的，而主管機關會同財政部就此訂定新辦法之內容，經核未逾越前揭授權範圍，且符合授權之目的，核與憲法第19條、司法院釋字第443號解釋、法律授權明確性原則、法律保留原則等，並無牴觸（最高行政法院109年度上字第798號判決意旨參照）。⒉又納稅義務人應按其實質稅負能力，負擔應負之稅捐。惟國家基於特定經濟政策之目的，如為發展我國生技醫藥產業，成為帶動經濟轉型的主力產業，制訂上揭新條例，給予特定範圍納稅義務人減輕或免除租稅之優惠措施，此為有正當理由之差別待遇者，雖無違憲法第19條所規定之人民有納稅之義務，及第7條之平等原則，然於依上開條例申請為租稅之減免時，自應遵守相關法令規定。次依上揭新條例及新辦法等規定可知，生技醫藥公司之營利事業股東是否於法定期限內抵減當年度應納營利事業所得稅額，抵減當年度稅額若干，取決於各公司政策。惟營利事業前後年度之租稅申報及稅捐稽徵作業有其連貫性與獨立性，不宜久懸不定，為便於投資抵減事宜之辦理及免於稅捐稽徵作業因營利事業投資抵減事宜申辦與否不確定及申辦程序恣意拖延而滯礙難行，新辦法第5條第1項乃為因應規定「生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前，或本辦法中華民國111年8月30日修正發布日當日起4個月內，檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理」等旨，俾便儘速確認抵稅權之有無及金額多寡，避免租稅法律關係久懸不定，亦避免經濟生活及秩序之動盪不安。再按稅捐減免優惠係就依稅法一般規定已成立之稅捐債務，因優惠之特別規定而例外減免其稅負金額，是當事人為稅捐減免優惠之相關主張，亦應嚴守其相關程序規定（最高行政法院109年度上字第798號判決意旨參照）。⒊此外，111年1月1日起施行之新辦法相關規定：⑴新辦法第4條第5項規定：「營利事業股東依本辦法申請抵減，應於辦理稅捐抵減年度之營利事業所得稅結算申報時，檢具營利事業股東投資抵減稅額證明書，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。」同辦法第5條第1項規定：「生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前……檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理。」同辦法第5條第4項規定：「稅捐稽徵機關應於第1項受理申請日……起2個月內，將申請結果函復該公司，其經核准者，應併同核發營利事業股東投資抵減稅額證明書。」同辦法第5條第5項規定：「生技醫藥公司應於稅捐稽徵機關核發營利事業股東投資抵減稅額證明書送達之次日起1個月內，發給第1項及第2項股東營利事業股東投資抵減稅額證明書。」⑵故而，本件原告之系爭10家營利事業股東申請投資抵減，應於辦理稅捐抵減年度之營利事業所得稅結算申報時，檢具投抵證明，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。由於系爭10家營利事業股東對原告所繳納之上開股款293,757,960元，於112年9月4日至112年9月10日期間即屬屆滿3年等節，已如上述。則原告依照上開新辦法之規定，應依前開申請期限之規定，於113年1月31日前，檢具規定文件向被告申請核發投抵證明，始為適法。又依照新辦法第5條第4項、第5項規定可知，「假設」原告確有於規定期限內提出申請且檢齊文件，則稽徵機關應於受理原告申請之日起2個月內，將申請結果函復原告，申請經核准者，稽徵機關應併同對原告核發投抵證明；且原告必須於前開投抵證明送達之次日起1個月內，對系爭10家營利事業股東發給投抵證明，以供系爭10家營利事業股東可得遵循新辦法第4條第5項之投資抵減營所稅要件（營利事業股東申請抵減，應於辦理稅捐抵減年度之營所稅結算申報時，檢具生技醫藥公司依法發給之投抵證明，憑以向稽徵機關辦理稅捐抵減）。是以，本件原告之系爭10家營利事業股東申請投資抵減，應於辦理稅捐抵減年度之營利事業所得稅結算申報時，檢具投抵證明，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。⒋如前所述，自111年1月1日起施行之新條例第7條第4項規定，將營利事業適用股東投資抵減之要件、申請期限、申請程序及其他相關事項等，授權以行政命令具體化以為補充。又因營利事業前後年度之租稅申報及稅捐稽徵作業有其連貫性與獨立性，不宜久懸不定，為便於投資抵減事宜之辦理及免於稅捐稽徵作業因營利事業投資抵減事宜申辦與否不確定及申辦程序恣意拖延而滯礙難行，新辦法乃為上述：營利事業股東申請抵減者必須於辦理營所稅申報時檢具生技醫藥公司發給之投抵證明憑以辦理營所稅抵減、生技醫藥公司必須限期提出投抵證明核發之申請、受理申請之稽徵機關必須限期函復結果、稽徵機關對於申請經核准者亦應限期核發投抵證明、生技醫藥公司經核發投抵證明後必須限期對營利事業股東發給投抵證明等關於投資抵減事宜之申請期限、申請程序及其他事項，乃營利事業將其投資依法可得享有抵減當年度應納營所稅額之相關規定要件。又前述先後各種「限期」規定，俾便儘速確認抵稅權之有無及金額多寡，避免租稅法律關係久懸不定，亦避免經濟生活及秩序之動盪不安。經核未逾越法律授權範圍，且符合授權之目的。⒌是就原告本件向被告申請核發投抵證明而言，原告即應按新辦法第5條第1項規定期限及程序辦理，否則，原告縱有投資於生技醫藥計畫之事實，亦因未遵守期限、未踐行法定申請程序，仍應認屬不符合規定。由於原告之系爭10家營利事業股東繳納上述股款之最後日期為109年9月10日，則依前述新辦法第5條第1項規定，原告應於股東繳款屆滿3年（112年9月）之次年1月底（113年1月31日）前，檢具規定文件向被告申請核發投抵證明，惟原告遲至113年3月15日（被告收文日）始為申請，已逾越規定申請期限等情，堪以認定。㈦原告主張新辦法並非法律位階，其第5條有關申請期限之規定應以「法律」明定，被告逕以新辦法第5條規定否准原告之申請，違反「法律保留原則」云云。然而，由於法律對於有關人民權利義務之事項，不能鉅細靡遺，一律加以規定，其屬於細節性、技術性者，法律自得授權主管機關以命令定之，俾便法律之實施。行政機關基於此種授權發布之命令，其內容未逾越授權範圍，並符合授權之目的者，自為憲法之所許（司法院釋字第360號解釋意旨參照）。復為促進生技醫藥產業升級需要，便利生技醫藥公司依新條例第7條投資抵減規定之執行，立法機關於新條例第7條第4項明定由主管機關（經濟部）會同財政部就該條例第7條第1項及第3項投資抵減之適用要件、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項發布命令，此一授權明示授權內容、範圍及目的，而主管機關會同財政部就此訂定新辦法之內容，經核未逾越前揭授權範圍，且符合授權之目的，核與憲法第19條、司法院釋字第443號解釋、法律授權明確性原則、法律保留原則等，並無牴觸等節，已如上述。則原告所稱有關申請期限之規定應以「法律」明定，被告逕以新辦法第5條規定否准原告之申請，違反法律保留原則云云，容有誤會，難以憑採。㈧至於原告主張：舊條例與新條例法律名稱雖然相似卻不相同，二者對於法律適用主體「生技新藥公司」及「生技醫藥公司」之定義不盡相同，且新辦法與舊辦法對於投資抵減相關申請，是否設有申請期限之規定亦不相同，應認原告本件並無新條例及新辦法之適用云云。然而：

1.按法規有變更者，適用實體從舊，程序從新之原則處理（最高行政法院101年度判字第947號判決，改制前行政法院62年判字第507號及72年判字第1651號判例參照)。又法規新增申請期限之規定者，本於程序從新之原則，申請人應受申請期限之限制；至於中央法規標準法第18條所訂從新從優原則係就實體法適用之規定，與本案程序問題無涉，申請人執以指摘援用程序從新原則為不當，自非有據（改制前行政法院80年度判字第2073號判決意旨參照）。

2.經按立法沿革紀錄所示，舊條例乃96年7月4日總統華總一義字第00000000000號令制定公布「生技新藥產業發展條例」全文13條；並自公布日施行至110年12月31日止。嗣106年1月18日總統華總一義字第00000000000號令修正公布「生技新藥產業發展條例」第3條條文。旨在「為因應全球生物科技朝向預防醫學及再生醫學等領域之發展，相關應用科技將成為未來發展之主軸項目，為對未滿足醫療需求之重大疾病提供另外治療機會，先進國家均積極投入，且已有眾多廠商投入該領域發展，亦有少數產品獲准上市，未來該市場規模將快速成長。為提升我國生技產業技術能量與產品國際競爭力，據以提高我國產品在國際市場占有率，故具高技術門檻之新興生技醫藥產品宜納入本條例適用範圍，爰修正第3條第1款及第2款「生技新藥產業」及「生技新藥公司」之定義，以鼓勵產業投入新技術新產品開發，搶得先機，進而掌握戰略優勢。」（舊條例第3條修法理由參照）。

3.又110年12月30日總統華總一經字第00000000000號令修正公布新條例名稱及全文17條；並自公布日施行至120年12月31日止，但第5條至第10條施行期間，自111年1月1日起至120年12月31日止（原名稱：生技新藥產業發展條例；新名稱：生技醫藥產業發展條例）。旨因「生技新藥產業發展條例（以下簡稱本條例）於96年7月4日公布施行，曾於106年1月18日修正公布第3條。本條例公布施行迄今已逾13年，對於推動生技新藥產業發展已有一定成效，其施行期間將於110年12月31日屆滿，考量其施行期間及其適用產業範圍有必要因應時空變遷調整……為持續優化產業之發展，提供持續且穩定之投資環境，爰擬具本條例修正草案，並將名稱修正為『生技醫藥產業發展條例』」（110年12月30日修正草案總說明參照）。

4.準此，係因舊條例將於110年12月31日施行期間屆滿，立法者考量其施行期間及其適用產業範圍有必要因應時空變遷調整，是基於繼續鼓勵民間資金之投入，及擴大適用之產業範圍，乃於110年12月30日及時修法因應，並將該法名稱修正成為「生技醫藥產業發展條例」。是新條例係接續舊條例而為施行，又雖有施行期間及適用產業範圍之調整，此乃因應時空變遷而為部分沿革，實則新條例係延續舊條例仍對特定生技產業之投資施以鼓勵之政策，僅新條例將鼓勵之對象予以擴大。復觀之舊條例第1條所定「為發展我國生技新藥產業，成為帶動經濟轉型的主力產業，特制定本條例。」，與新條例第1條所定「為發展我國生技醫藥產業，成為帶動經濟轉型之主力產業，特制定本條例。」，亦見新、舊條例之宗旨相同，均係為發展我國特定生技產業，成為帶動經濟轉型之主力，僅新條例更加擴大適用之產業範圍至「生技『醫』藥產業」，而非侷限於「生技『新』藥產業」。又按111年1月1日起施行新條例第7條第4項規定：「第1項營利事業及前項創業投資事業適用股東投資抵減之要件、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。」等旨，以及新辦法第5條第1項規定：「生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前……檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理」可知，為因應新條例自111年1月1日起施行，相關主管機關於111年8月30日修正發布新辦法，亦自111年1月1日施行，新辦法更已經明定相關申請期限。新條例(辦法)自乃接續舊條例(辦法)延續而來。

5.從而，原告所稱舊條例與新條例為不同法律、舊辧法與新辦法為不同規定、本件並無新條例及新辦法之適用云云，容有誤會，尚難憑採。㈨原告主張：經濟部以108年5月23日函審定原告為生技新藥公司，又以110年4月7日函核准原告增資，前開經濟部審定函及核准函已構成原告之信賴基礎，則原告嗣以113年3月15日申請書向被告申請投抵證明之核發，被告不應予以否准；經濟部於111年5月30日預告之新辦法修正草案，並未公告最後修正發布版本中有關申請期限之內容，是系爭公告內容已賦予原告「無申請末日期限」之合理信賴基礎云云。經查：

1.新訂之法規，如涉及限制或剝奪人民權利或增加法律上之義務，原則上不得適用於該法規生效前業已終結之事實或法律關係，是謂禁止法律溯及既往原則。倘新法規所規範之法律關係，跨越新、舊法施行時期，而構成要件事實於新法法規生效施行後始完全實現者，除法規別有規定外，應適用新法規定。此種情形，係將新法規定適用於舊法規施行時期內已發生，且於新法規定施行後繼續存在之事實或法律關係，並非新法規定之溯及適用，無涉禁止法律溯及既往原則。又信賴保護原則所追求的法秩序安定，以及現代國家面對社會變遷而不斷衍生改革需求，必須依民主原則有所回應，兩者同屬憲法保護之基本價值，應予調和。又任何法規皆非永久不能改變，受規範對象對於法規未來可能變動（制定、修正或廢止），亦非無預見可能。立法者為因應時代變遷與當前社會環境之需求，在無涉法律不溯及既往原則之情形下，對於人民既存之權益，原則上有決定是否予以維持以及如何維持之形成空間（釋字第782號解釋意旨參照）。

2.又法律不溯及既往原則，係基於法治國之法安定性原則及信賴保護原則而來，其意義乃指新訂生效之法規，對於法規生效前已發生事件，原則上不得適用。所謂事件，係指符合特定法規構成要件之全部法律事實；所謂發生，係指該全部法律事實在現實生活中完全具體實現而言。又新法規範之法律關係如跨越新、舊法施行時期，當特定法條之所有構成要件事實於新法生效施行後始完全實現時，則無待法律另為明文規定，本即應適用法條構成要件與生活事實合致時有效之新法，根據新法定其法律效果（司法院釋字第577號及釋字第620號解釋理由書參照），此即學說上所謂構成要件事實之溯及連結（非真正溯及既往），而非法律效果之溯及適用（真正溯及既往），自不生法律溯及既往之問題。惟法律之制定、修正或廢止，難免影響人民既存有利之法律地位，新、舊法之變更，在上述構成要件事實溯及連結之情形，雖未牴觸法律不溯及既往原則，但人民出於信賴舊法繼續施行，而有因信賴所生之實體法上利益受損害者，基於信賴之保護，應採取合理之補救措施，或訂定過渡期間之條款，俾減輕損害。至於可否基於信賴保護原則給予一定之補救或訂定過渡條款，仍應綜合考量受規範對象是否確有值得保護之信賴、公共利益與損害程度等一切情況（司法院釋字第525號、第529號、第577號、第589號、第605號、第714號、第717號解釋參照；最高行政法院107年度判字第693號判決參照）。

3.修正前舊辦法第8條(新辦法係於111年8月30日修正發布，亦自111年1月1日施行)第1項規定：「生技新藥公司應於其營利事業股東繳納股票價款之當日起滿3年後，檢具……文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發投資抵減稅額證明書」；修正後即新辦法第5條第1項規定：「生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前……檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理」由以上規定可知，新辦法第5條第1項規定，就修正施行前營利事業股東已繳納股款但尚未屆滿3年者，就相關投抵證明之申請核發，於屆滿3年時適用修正後之規定，屬營利事業股東已繳納股款之事實存續期間發生法律規範變動而逕自適用新法之情形，屬法律事實之回溯連結，並非新法規之溯及適用。

4.經查，生技公司所投資計畫，是否具有生技新藥產業之性質，固由經濟部為審認之主管機關；惟關於賦稅、財政事項則非經濟部所主管。是以，原告設立募集或現金增資取得資金，是否符合投資抵減規定，因事涉賦稅之優惠，尚有待稅捐稽徵機關查明認定，因而才有另由稅捐稽徵機關核發投資抵減稅額證明書（投抵證明）之必要，並非單憑經濟部所核發審定函或增資核准函便可享租稅優惠（最高行政法院95年度判字第780號判決意旨參照）。則原告主張經濟部係依舊條例發給審定函及增資核准函，被告基於信賴保護即應適用舊條例及舊辦法核發投抵證明云云，為不足採

5.固然系爭申請案之營利事業股東繳納股款係發生於000年度，然投抵證明之申請係以「繳納股款屆滿3年」為前提要件，原告系爭申請案係於113年3月15日始向被告申請，本應適用法條構成要件與生活事實合致時有效之新法（即申請時之新辦法第5條第1項規定），直接依據新法定其法律效果，縱使原告之營利事業股東繳納股款係發生於000年度舊法時期，惟其僅係「法律事實之回溯連結」，並非新法規範效力之回溯適用，則被告就系爭申請案適用新辦法第5條第1項規定，認原告逾期申請乃為否准處分，並未違反法律不溯及既往原則。則原告主張被告否准處分有違反信賴保護原則云云，委無足取

6.又原告係專業生技公司，原告亦於112年5月30日申報111年度營利事業所得稅時，即已於投資抵減附表上載明原告所適用法律為「生技『醫』藥產業發展條例」（新條例），此有原告111年度營利事業所得稅結算申報書內容可供參照（原處分卷第267至272頁）。則原告對於新條例第7條第4項授權主管機關會同財政部訂定新辦法、新辦法亦自111年1月1日起施行、新辦法第5條第1項就投抵證明之申請已定有期限等情，亦係知悉或可得知悉。又本件係於新辦法111年8月30日修正發布後，即隔年（112年）9月間，始完全滿足新辦法第5條第1項所定「生技醫藥公司……其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年」此等要件，是自新辦法修正發布日111年8月30日至本件申請投抵證明之最後期限即113年1月31日，相距仍有17個月時間，原告係可預為因應以準備相關證明文件向被告申請核發投抵證明，縱使部分相關應備文件資料準備不及，對於已依限提出申請之案件，同條第3項規定稽徵機關應給予通知補正機會，是任何法規皆非永久不能改變，受規範對象對於法規未來可能變動（制定、修正或廢止），亦非無預見可能；且新辦法規定領證申請期限及補正機制，已考量原告舊案權益保護之必要程度，而相應給予適當緩衝調整機制，以減少新、舊法規適用衝擊，並未違反信賴保護原則。惟原告疏於提出申請致生逾期結果，被告適用新辦法第5條第1項，因原告申請逾期，而為本件否准處分，應認於法並無不合。則原告主張本件基於信賴保護，被告不應否准云云，亦難憑採。

7.另外，原告援引新辦法第4條第3項主張本件不適用新辦法「申請期限」之限制云云。然而，又為使適用租稅優惠措施之營利事業負擔合理納稅義務（新條例第7條立法意旨參照），新條例第7條第1項及第3項後段乃增訂抵減限額以應納營利事業所得稅額50%為限（下稱「抵減稅額50%上限」）。是以，為因應新條例第7條之「抵減稅額50%上限」之緩衝適用，新辦法第4條第3項乃規定：「前2項生技醫藥公司於中華民國110年12月31日以前新投資創立或增資擴充，於110年12月31日以前已依規定向本部申請核發生技新藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減金額不受前2項後段50%限額限制；於111年1月1日以後向本部申請核發生技醫藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減應依前2項規定辦理。」等旨，而為過渡條款規定，即生技醫藥公司於110年12月31日以前已依規定取具經濟部核發投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減金額「不受」前述「抵減稅額50%上限」之限制，此與新辦法第5條第1項之「申請期限」規定有別，尚難混為一談，則原告主張本件不適用新辦法「申請期限」之限制云云，容有誤會，難以憑採。

8.至於原告主張經濟部於111年5月30日預告之新辦法修正草案，並未公告最後修正發布版本中有關申請期限之內容，是系爭公告內容已賦予原告「無申請末日期限」之合理信賴基礎云云。經查：本件新辦法第5條第1項而言，實則亦有過渡期間之規定，即生技醫藥公司之營利事業股東繳納現金股款於110年12月31日以前已屆滿3年（註：本件無此情形），但生技醫藥公司尚未提出投抵證明之申請者，應於新辦法111年8月30日發布當日起4個月內提出申請；至營利事業股東繳納現金股款於111年1月1日以後始屆滿3年者（註：本件屬此情形），則於屆滿3年之次年1月底前應提出申請。是新辦法第5條第1項已訂有前述「111年8月30日起4個月內」過渡期間之緩衝規定，以利新辦法施行前已繳股款屆滿3年之舊案為新法之因應，無違信賴保護原則。況新辦法第5條第1項已訂有前述「111年8月30日起4個月內」過渡期間之緩衝規定，已如前述，原告尚且自承其經理人蔡君於112年9月18日致電被告承辦人○○○等語，更是自知有新舊法比較之可能，自難以新辦法修正草案預告時之條文無申請末日期限，認為屬於信賴基礎，原告上開主張，自非可採。㈩原告主張：係因被告所為行政指導，而確信本件並無新辦法之適用，即申請核發投抵證明並無期限問題，基於信賴保護原則，應認本件仍適用舊辦法；原告經理人蔡君於112年9月18日致電被告承辦人○○○，詢問原告應適用新藥辦法（舊辦法）或醫藥辦法（新辦法）之問題，被告○○○承辦人當時答覆適用舊辦法，即無申請期限問題；且本件申請時雖依照新條例，因屬於制式表格，故無法更改云云。然而：

1.按行政程序法第165條規定：「本法所稱行政指導，謂行政機關在其職權或所掌事務範圍內，為實現一定之行政目的，以輔導、協助、勸告、建議或其他不具法律上強制力之方法，促請特定人為一定作為或不作為之行為。」亦即，行政指導並無須有作用法上之授權，惟行政指導內容仍應遵守法律優位原則，不得逾越相關法律之規定（行政法院88年度裁字第835號裁定意旨參照）。次按行政程序法第8條規定：「行政行為，應以誠實信用之方法為之，並應保護人民正當合理之信賴。」司法院釋字第525號解釋理由書亦闡述：「法治國為憲法基本原則之一，法治國原則首重人民權利之維護、法秩序之安定及誠實信用原則之遵守。人民對公權力行使結果所生之合理信賴，法律自應予以適當保障，此乃信賴保護之法理基礎，……」等語。又信賴保護原則之成立，須符合以下要件：⒈信賴基礎，即必須有一表示國家意思之行政行為存在，以為信賴之基礎；⒉信賴表現，即當事人確因信賴意思表示的效力而展開具體信賴行為，包括運用財產及其他處理行為；⒊值得保護的正當合法信賴，即當事人之信賴必須無行政程序法第119條所列各款信賴不值得保護之情形，始有信賴保護原則之適用。再者，行政程序法第8條規定係規範於總則章，適用於同法第2條第1項所稱之各種行政行為，與該法第117條、第119條，以及第126條連結第123條第4款及第5款規定，限於授予利益行政處分之撤銷及廢止不同。易言之，行政程序法第8條既係以「行政行為」為規範客體，故縱然為行政程序法第165條規定之行政指導，原則上亦應保護人民正當合理之信賴。因此，倘行政機關指導之內容明確，且人民信賴該內容，並據而為一定作為或不作為，且無信賴不值得保護之情形，則亦有可能產生信賴利益，而受信賴保護，只是受信賴保護之程度或方式須依個案情形為不同考量（最高行政法院112年度上字第819號判決意旨參照）。

2.經查，被告關於原告上述行政指導之答辯，被告就此表示並「無」原告所稱其承辦人○○○告知應適用舊辦法或無申請期限問題等行政指導情事（本院卷2第43頁）。原告固然提示所稱蔡君手寫「#1342 陳's 9/18 110/12/31前適用舊法」等文字，據以主張被告承辦人○○○係有系爭行政指導行為云云（本院卷1第185頁）；惟觀之前開文字，縱如原告所稱係其經理人蔡君所書寫，仍無從證明係出於被告之行政指導行為，亦無從證明「被告確實對原告表示本件並無申請期限問題」之事實存在。又雖然原告亦提示其對股東發送之電子郵件內容（本院卷1第419至425頁），據以主張被告承辦人○○○係有系爭行政指導行為云云；惟觀之該等電子郵件內容，旨在對原告股東說明，適用投資抵減者其認股或應募股票成為記名股東須達3年，此3年係以「股東繳納股票價款之當日」起算，即原告相關股東之認股達3年係於109年9月至112年9月期間。惟前開「認股達3年」（109年9月至112年9月），核與本件「申請期限」（113年1月31日前）規定不同，兩者尚難混為一談。此外，依照上述電子郵件內容，亦查無「被告確實對原告表示本件並無申請期限問題」之事實存在。

3.換言之，原告雖陳稱被告承辦人○○○於112年9月18日對原告經理人蔡君作出本件應適用舊辦法、即無申請期限問題之行政指導一事，惟查「無」具體事證可供證立「被告確實對原告表示本件並無申請期限問題」之內容明確之行政指導，實不足以認定原告所稱系爭行政指導之信賴基礎確實存在。況本件原告係專業生技公司，原告亦於「112年5月30日」申報111年度營利事業所得稅時，即已於投資抵減附表上載明原告所適用法律為「生技『醫』藥產業發展條例」（新條例），此有原告111年度營利事業所得稅結算申報書內容可供參照（原處分卷第267至272頁）。則原告對於新條例第7條第4項授權主管機關會同財政部訂定新辦法、新辦法亦自111年1月1日起施行、新辦法第5條第1項就投抵證明之申請已定有期限等情，亦係知悉或可得知悉；並且，原告之網頁公開資訊亦顯示，原告於「112年9月28日」對其股東作出重要公告，表示其股東係適用新辦法（即「營利事業適用生技醫藥公司股東投資抵減辦法」）之規定等旨甚明（本院卷2第63至65頁），益見原告本即知悉本件係新辦法適用對象，且非自然人，更聘有專業會計師、律師等，如若對於上開申請案適用條文有所疑義，本應附加補充書函或者相關事證，向被告確認真義，故原告所稱係信賴被告承辦人112年9月18日系爭行政指導，乃認本件並無申請期限，並遲至113年3月15日始為投抵證明之申請核發；上開申報書乃制式表格，且網頁乃會計師所作，不可代表原告云云，不足採信。原告主張因於109年9月間辦理現金增資1.5億元，向經濟部申請核發生技新藥投資計畫核准函，經濟部即以110年4月7日函予以核准在案，惟前開110年4月7日核准函並未告知申請投抵證明之期限末日，被告本件不應為否准處分云云，並提出上開函（原處分卷第819至820頁）。經查：

1.經濟部110年4月7日核准函乃係舊辦法施行期間內所發給，該函說明五雖載有「請貴公司依『營利事業適用生技新藥公司股東投資抵減辦法（註：舊辦法）』第8條之規定於其營利事業股東繳納股票價款之次日起滿3年後，檢具文件資料向所在地稅捐稽徵機關申請核發投資抵減稅額證明書」等語，此僅係經濟部對原告為舊辦法第8條規定內容之觀念通知，又經濟部前開觀念通知亦不足以阻卻嗣後新辦法於111年8月30日依法修正發布周知並自111年1月1日起施行之法效性。

2.再者，原告係專業生技公司，原告亦於112年5月30日申報111年度營利事業所得稅時（原處分卷第267至272頁），即已於投資抵減附表上載明原告所適用法律為「生技『醫』藥產業發展條例」（新條例）。則原告對於新條例第7條第4項授權主管機關會同財政部訂定新辦法、新辦法亦自111年1月1日起施行、新辦法第5條第1項就投抵證明之申請已定有期限等情，亦係於112年間即知悉或可得知悉等節，已如上述。實則，本件係原告疏於提出申請致生逾期之結果，原告雖援引經濟部110年4月7日函之上述觀念通知，仍無以對原告為有利之認定。至於原告主張：被告112年11月15日新聞稿乃行政指導一環，僅有說明舊辦法，而未明示原告於111年8月30日修法前，即被核准投資之生技新藥公司是否適用新辦法第5條申請期限；財政部114年7月4日之網路公告資訊（下稱財政部114年7月4日公告），提及「110年12月30日修正公布前生技新藥產業發展條例」，應認本件係適用舊辦法，而非新辦法云云。然而：

1.按中央法規標準法第12條規定：「法規應規定施行日期，或授權以命令規定施行日期。」第13條規定：「法規明定自公布或發布日施行者，自公布或發布之日起算至第3日起發生效力。」第14條規定：「法規特定有施行日期，或以命令特定施行日期者，自該特定日起發生效力。」又為配合適用產業範圍之擴大，110年12月30日立法將舊條例名稱變更成為「生技『醫』藥產業發展條例」（新條例），並修正公布全文17條，其中第5條至第10條施行期間，自111年1月1日起至120年12月31日止，其餘則自公布日施行至120年12月31日止。且為因應新條例自111年1月1日起施行，經濟部及財政部會銜於111年8月30日修正發布「營利事業適用生技醫藥公司股東投資抵減辦法」（新辦法），並明定自111年1月1日施行至120年12月31日止。

2.是自111年1月1日起施行新辦法，又按新辦法第5條第1項規定「生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前，或本辦法中華民國111年8月30日修正發布日當日起4個月內，檢具……文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理」等旨，復因原告之系爭10家營利事業股東繳納股款之最後日期為109年9月10日(參考原證2)，則依前述新辦法第5條第1項規定，原告應於股東繳款滿3年（112年9月）之次年1月底（113年1月31日）前，檢具規定文件向被告申請核發投抵證明，惟原告遲至113年3月15日始為申請，已逾越規定申請期限（原處分卷第811至813頁）。

3.故而，被告112年11月15日新聞稿(原證13；本院卷1第229頁)除具備說明性質外，並未特定對象，尚難據此作為被告行政指導之證據，尚與行政程序法第165條規定相違背；況關於財政部114年7月4日公告(本院卷2第13-14頁)，係審酌舊條例第6條第1項允許生技公司之股東原始認股達3年者，得以其認股價款20%限度內，自其有應納營所稅之年度起5年內抵減各年度應納營所稅額，即生技公司之股東符合舊條例規定，且符合申請規定者，得於5年內抵減各年度應納營所稅，則於財政部114年7月4日公告時，或有已符合舊條例等相關規定者，其於114年7月間尚處於「得於5年內抵減」此期限內，乃一併公告提醒依法提出抵減營所稅之申請。至於新條例取代舊條例而為施行、新辦法取代舊辦法而為施行，相關施行日期按上揭中央法規標準法等規定，應以法規或授權以命令所規定者為準據。換言之，財政部114年7月4日公告並「無」變更新辦法施行日期之效力，則原告以財政部114年7月4日公告為據，主張本件係適用舊辦法，而非新辦法云云，容有誤會，尚難憑採。

4.此外，原告係以「113年3月15日」（被告收文日）申請書，就系爭10家營利事業股東之投資金額293,757,960元及抵減相關營利事業所得稅等事宜，向被告申請核發投抵證明，以供該等10家股東後續辦理投資抵減營所稅時可得依憑（原處分卷第585、818至820頁）。而上述公告係財政部於「114年7月4日」始為之，公告時間在原告113年3月15日申請日之後，原告主張財政部114年7月4日公告係原告113年3月15日申請投抵證明之信賴基礎乙節，自不足採。原告主張：被告未選擇對原告權益損害最少之行政手段，逕以原處分否准原告投抵證明之申請，違反比例原則云云；然者：

1.按納稅義務人應按其實質稅負能力，負擔應負之稅捐。惟國家基於特定經濟政策之目的，如為發展我國生技醫藥產業，成為帶動經濟轉型的主力產業，制訂上揭新條例，給予特定範圍納稅義務人減輕或免除租稅之優惠措施，此為有正當理由之差別待遇者，雖無違憲法第19條所規定之人民有納稅之義務，及第7條之平等原則，然於依上開條例申請為租稅之減免時，自應遵守相關法令規定。次依上揭新條例及新辦法等規定可知，生技醫藥公司之營利事業股東是否於法定期限內抵減當年度應納營利事業所得稅額，抵減當年度稅額若干，取決於各公司政策。惟營利事業前後年度之租稅申報及稅捐稽徵作業有其連貫性與獨立性，不宜久懸不定，為便於投資抵減事宜之辦理及免於稅捐稽徵作業因營利事業投資抵減事宜申辦與否不確定及申辦程序恣意拖延而滯礙難行，新辦法第5條第1項乃為因應規定「生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前，或本辦法中華民國111年8月30日修正發布日當日起4個月內，檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理」等旨，俾便儘速確認抵稅權之有無及金額多寡，避免租稅法律關係久懸不定，亦避免經濟生活及秩序之動盪不安。再按稅捐減免優惠係就依稅法一般規定已成立之稅捐債務，因優惠之特別規定而例外減免其稅負金額，是當事人為稅捐減免優惠之相關主張，亦應嚴守其相關程序規定等節，已如上述。

2.至於本件，依新辦法第5條第1項「逾期申請者，不予受理」之規定，足見原處分性質上為羈束處分，被告並無多種合目的之措施可供選擇，並無違反比例原則之問題（最高行政法院111年度上字第265號判決意旨參照）。則原告疏於提出投抵證明之申請致生逾期之結果，是依新辦法第5條第1項「逾期申請者，不予受理」之規定，被告乃依法而為否准處分，原告主張被告並未裁量選擇其他效果，係違反比例原則云云，容有誤會，難以憑採。原告主張本件應比照促進民間參與公共建設法、獎勵民間參與交通建設條例、電影法、廢止前促進產業升級條例等其他法律規定，即應認向被告申請核發投抵證明並無期間限制云云。然而：

1.依量能課稅原則，有所得即應納稅，本不應該因人、因時、因地而有不同，國家僅基於特殊政策考量（不同產業政策等考量），始例外給予人民租稅優惠，其條件、範圍自應嚴謹明確，以避免該租稅減免措施被浮濫擴充或不當延伸，而進一步妨害租稅公平原則（最高行政法院98年度判字第248號判決意旨參照）。又按憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務，係指國家課人民以繳納稅捐之義務或給予人民減免稅捐之優惠時，應就租稅主體、租稅客體、稅基、稅率、納稅方法及納稅期間等租稅構成要件，以法律或法律明確授權之命令定之，司法院釋字第622號等多則解釋理由闡述甚明，即不僅課稅應有法律保留原則之適用，即免徵稅賦亦必須法律或法律明確授權之命令定有明文時，方得為之（最高行政法院111年度上字第274號判決意旨參照）。

2.是基於租稅法定原則，本件應按新辦法第5條第1項規定「生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前，或本辦法中華民國111年8月30日修正發布日當日起4個月內，檢具……文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理」為準，原告上開主張，容有誤會，亦難採據。　　　　綜上，原告所訴，核無足採。從而，原處分並無不法，訴願決定予以維持，亦無不合。原告徒執前詞，訴請撤銷訴願決定及原處分，及命被告作成核發投抵證明，為無理由，應予駁回。

六、本件判決基礎已經明確，原告聲請通知證人蔡君作證以及函詢被告關於承辦人之事宜等語，本院認無必要。兩造其餘攻擊防禦方法及訴訟資料經本院斟酌後，核與判決結果不生影響，無一一論述之必要，附此敘明。

七、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。中　　華　　民　　國　　115 　年　　5 　　月　　7 　　日審判長法 官 洪慕芳法 官 孫萍萍法 官 周泰德

一、上為正本係照原本作成。

二、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院高等行政訴訟庭提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內補提理由書；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（均須按他造人數附繕本）。

三、上訴未表明上訴理由且未於前述20日內補提上訴理由書者，逕以裁定駁回。

四、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書（行政訴訟法第49條之1第1項第3款）。但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人（同條第3項、第4項）。得不委任律師為訴訟代理人之情形 所需要件 (一)符合右列情形之一者，得不委任律師為訴訟代理人 1.上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備法官、檢察官、律師資格或為教育部審定合格之大學或獨立學院公法學教授、副教授者。 2.稅務行政事件，上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備會計師資格者。 3.專利行政事件，上訴人或其代表人、管理人、法定代理人具備專利師資格或依法得為專利代理人者。 (二)非律師具有右列情形之一，經最高行政法院認為適當者，亦得為上訴審訴訟代理人 1.上訴人之配偶、三親等內之血親、二親等內之姻親具備律師資格者。 2.稅務行政事件，具備會計師資格者。 3.專利行政事件，具備專利師資格或依法得為專利代理人者。 4.上訴人為公法人、中央或地方機關、公法上之非法人團體時，其所屬專任人員辦理法制、法務、訴願業務或與訴訟事件相關業務者。 是否符合(一)、(二)之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出(二)所示關係之釋明文書影本及委任書。 中　　華　　民　　國　　115 　年　　5 　　月　　7 　　日書記官 黃靖雅